Смотрите также материалы спецкурса Н.Н.Поповой
«Терафлопные вычисления».
При разработке, компиляции, сборке и запуске программ на системе IBM Blue Gene/P,
установленной на факультете ВМК МГУ имени М. В. Ломоносова,
вам необходимо помнить о следующем:
- Архитектура Blue Gene предназначена для кодов, которые хорошо масштабируются
до сотен и тысяч процессоров. Процессоры на Blue Gene
работают на меньшей тактовой частоте, чем таковые на системах
p-серии и обычных Linux-кластерах. Если ваша программа
не является хорошо масштабируемой, то, вероятно,
вам имеет смысл подумать над возможностью выбора другой машины.
- На Blue Gene нет файла подкачки, используется статическая карта памяти.
На одном вычислительном узле доступно 2 ГБ физической памяти
С точки зрения прикладного
программиста, это означает, что необходимо тщательно избегать
в коде ошибок, связанных с утечкой памяти.
- Для сборки программ используется механизм кросс-компиляции.
- Компиляторы с префиксом bg по умолчанию используют опцию
-qarch=450d, при этом задействуются оба устройства
вычислений с плавающей точкой; если у вас возникают проблемы
с производительностью, попробуйте явно указать ключ
-qarch=450.
- Поддерживается динамическое связывание (dynamic linking).
- Межпроцессорные обмены реализуются только с помощью MPI.
- В зависимости от режима исполнения, в рамках MPI-процесса может
исполняться одна, две или четыре OpenMP-нити.
- pESSL для систем Blue Gene на данный момент не выпущена.
- В рамках одного вычислительного узла можно использовать
последовательную или SMP-версию библиотеки
IBM ESSL (Engineering and Scientific Subroutine Library).
- Не поддерживается часть системных вызовов Linux, как, например,
fork; полный список
см. в официальной документации.
- Пороговое значение выбора способа маршрутизации MPI-пакетов
может быть выставлено через переменную окружения
DCMF_EAGER при постановке задачи в очередь:
mpirun ... -env "DCMF_EAGER=1000" ...
- Blue Gene использует 32-битную адресацию, поэтому нельзя
использовать ключ -q64 компилятора,
однако поддерживаются 64-битные целые (например, long long).
- Процессор вычислительного узла системы Blue Gene/P
включает четыре ядра.
Программа может быть запущена в трех режимах:
SMP,
DUAL,
VN.
- На этапе разработки используйте ключ -g,
который может оказаться полезным при анализе причин
аварийного завершения программы.
- Чтобы добиться максимальной производительности,
используйте компиляторы семейства IBM XL, нежели GCC.
Текст на этой странице является вольной адаптацией
рекомендаций
Центра поддержки научных вычислений Бостонского университета