На главную :: Blue Gene/P

Быстрый старт работы на системе Blue Gene/P

  1. Доступ к суперкомпьютеру IBM Blue Gene/P, установленному на факультете ВМК МГУ имени М. В. Ломоносова, открыт только с ряда IP-адресов, в том числе с тех, которые вы указывали при оформлении заявки. Таким образом, вы начинаете работу с подключения к системе, с которой разрешено заходить на комплекс Blue Gene/P.
  2. Теперь, используя выбранное вами при регистрации имя пользователя (username), вы можете подключиться к основному фронтэнду. Если вы работаете из факультетской сети, то используйте хост bluegene1.hpc: 
    $> ssh username@bluegene1.hpc
    или внутренний IP-адрес: 
    $> ssh username@10.6.7.50
    Если вы подключаетесь извне, то выполните: 
    $> ssh username@bluegene1.cs.msu.su
    или используйте внешний IP-адрес: 
    $> ssh username@158.250.10.46
  3. При первом подключении к системе вам будет предложено поменять пароль. Вы можете в любой момент изменить текущий пароль, выполнив команду 
    $> passwd
    Если вы используете программу WinSCP в Windows, то смена пароля не всегда проходит удачно; поэтому мы рекомендуем делать это, применяя программу PuTTY
  4. Пожалуйста, следите за чистотой и уровнем заполненности вашей домашней директории: 
    $> pwd
$> du -sh * ~
  5. Скопируйте себе в домашний каталог небольшую тестовую программу: 
    $> cp -r /home/pozdneev/test ~
  6. Перейдите в полученную директорию и откомпилируйте тестовую программу: 
    $> cd ~/test/
$> mpixlc_r -qsmp=omp hello.c -o hello
    Вы получите исполняемый файл hello.
  7. Скопируйте этот файл в папку /gpfs/data/username и перейдите в эту директорию (напоминаем, что username — это ваше имя пользователя): 
    $> cp hello /gpfs/data/username/
$> cd /gpfs/data/username/
    Узлы ввода-вывода не имеют доступа к каталогу /home, поэтому рабочие файлы, связанные с запуском задач, должны находиться в директории /gpfs/data/username (или ее поддиректориях). Каталог /gpfs служит только для хранения временных файлов (исполняемых файлов и данных), необходимых для счета. Не используйте эту часть файловой системы для компиляции программ и постобработки результатов расчетов — тем самым вы отнимете ресурсы у программ, осуществляющих в данный момент операции ввода-вывода! Более того, лежащие на /gpfs файлы, к которым не было обращения в течение определенного промежутка времени, могут удаляться автоматически! Пожалуйста, заранее побеспокойтесь об их перемещении в свою домашнюю директорию (подробности см. в разделе, посвященном файловой системе).
  8. Поставьте задание в очередь, посмотрите ее статус: 
    $> mpisubmit.bg -n 128 -w 00:15:00 -m dual -e "OMP_NUM_THREADS=2" hello
$> llq
$> llq -b
    Еще раз, пожалуйста, обратите внимание, что, если вы компилируете программу в /home/username, то перед запуском, ее и сопутствующие файлы необходимо переписать в /gpfs/data/username и оттуда же ставить задачу в очередь (см. тж. раздел, посвященный файловой системе).
    Пожалуйста, имейте в виду, что недопустимо удалять исполняемый файл до того, как программа завершит свою работу. Кроме того, не забывайте, что программа должна иметь права на исполнение (например, -rwxr-xr-x).
  9. После того, как задача отработает, найдите в текущей директории файл стандартного вывода (его имя будет иметь вид hello.#####.out): 
    $> ls *.out
  10. Посмотрите на результат работы тестовой программы (выйти из программы less можно, нажав кнопку q): 
    $> head #####.out
$> tail #####.out
$> sort #####.out | head
$> sort #####.out | tail 
$> less #####.out
  11. Теперь вы готовы к компиляции и запуску более сложных программ, но сначала мы рекомендуем вам ознакомиться с В случае возникновения трудностей обратитесь

Данные рекомендации по быстрому старту работы на системе IBM Blue Gene/P, установленной на факультете ВМК МГУ имени М. В. Ломоносова, составлены на основе инструкции «Quick Start Guide (aka FAQ)», подготовленной В. В. Ситником, и отзывов пользователей