Пакет Gromacs

Визуализация биомолекулы Gromacs — пакет для моделирования биомолекулярных систем методами молекулярной динамики.

Прежде чем приступать к использованию пакета, ознакомьтесь с инструкцией по системе Modules.

Версии

Список доступных версий пакета Gromacs можно получить, выполнив команду

module avail gromacs

На момент редактирования данной страницы доступны следующие версии:

gromacs/4.5.6-fast
gromacs/4.5.6-stable

Версия с суффиксом fast, как правило, работает до двух раз быстрее, чем версия с суффиксом stable. Однако прежде чем переходить к использованию fast-версии, рекомендуется провести серию небольших тестовых расчетов с использованием stable-версии.

Подгрузка

Чтобы подгрузить пакет Gromacs, выполните команду

module load gromacs/VERSION

где VERSION — конкретная версия, например,

module load gromacs/4.5.6-fast

При запуске программы на Blue Gene/P в качестве исполняемого файла следует указывать `which mdrun_mpi` (обратите внимание на обратные одинарные кавычки!).

Программу рекомендуется запускать на Blue Gene/P в режиме VN.

Команда для запуска расчета на суперкомпьютере имеет примерно следующий вид:

mpisubmit.bg -m vn -n 512 -w 04:00:00 `which mdrun_mpi` -- -s protein_md -o protein_md -c protein_after_md -v

(Программа запускается в режиме VN (-m vn). Для данного расчета задействовано 512 вычислительных узлов (-n 512). Время расчета ограничено четырьмя часами (-w 04:00:00). Параметры передаются программе после символов --.)

Обратите внимание, что команда mdrun должна использоваться только для запуска расчетов на фронтэнде, а команда mdrun_mpi предназначена для использования только на суперкомпьютере.

Справка

Короткую справку об особенностях использования пакета Gromacs на системе Blue Gene/P можно получить, выполнив команду

module help gromacs/VERSION

где VERSION — конкретная версия, например,

module help gromacs/4.5.6-fast

Пошаговая инструкция

Новым пользователям пакета Gromacs на Blue Gene/P рекомендуется ознакомиться с материалом «Gromacs — Пошаговая инструкция».