Gromacs — пакет для моделирования биомолекулярных систем методами молекулярной динамики.
Прежде чем приступать к использованию пакета, ознакомьтесь с инструкцией по системе Modules.
Список доступных версий пакета Gromacs можно получить, выполнив команду
На момент редактирования данной страницы доступны следующие версии:
gromacs/4.5.6-fast gromacs/4.5.6-stable
Версия с суффиксом fast
, как правило, работает до двух раз быстрее, чем версия с суффиксом stable
. Однако прежде чем переходить к использованию fast
-версии, рекомендуется провести серию небольших тестовых расчетов с использованием stable
-версии.
Чтобы подгрузить пакет Gromacs, выполните команду
VERSION
— конкретная версия, например,
При запуске программы на Blue Gene/P в качестве исполняемого файла следует указывать `which mdrun_mpi`
(обратите внимание на обратные одинарные кавычки!).
Программу рекомендуется запускать на Blue Gene/P в режиме VN.
Команда для запуска расчета на суперкомпьютере имеет примерно следующий вид:
(Программа запускается в режиме VN (-m vn
).
Для данного расчета задействовано 512 вычислительных узлов (-n 512
).
Время расчета ограничено четырьмя часами (-w 04:00:00
).
Параметры передаются программе после символов --
.)
Обратите внимание, что
команда mdrun
должна использоваться только для запуска расчетов на фронтэнде,
а команда mdrun_mpi
предназначена для использования только на суперкомпьютере.
VERSION
— конкретная версия, например,
Новым пользователям пакета Gromacs на Blue Gene/P рекомендуется ознакомиться с материалом «Gromacs — Пошаговая инструкция».